Im Jahr 2005 wurde der Pharmakonzern beschuldigt, Ärzten systematisch Geld dafür zu zahlen, dass sie ratiopharm-Produkte bevorzugt verschreiben. Dies sei durch E-Mails, Schecks und interne Dokumente belegt, die der Zeitschrift Stern vorlägen. Um seinen Marktanteil an verschriebenen Medikamenten zu erhöhen, habe Ratiopharm Ärzten die Praxissoftware „Doc Expert“ bezahlt, eine Software, die dem Arzt bevorzugt Ratiopharm-Produkte vorschlägt. Besonders kooperative Ärzte seien regelmäßig mit sogenannten „V.O.M.-Schecks“ (Abkürzung für Verordnungsmanagement) in Höhe von 2,5 % des Apotheken-Verkaufspreises pro Medikament belohnt worden. Zahlungen an Ärzte wären hierfür oft als Referentenhonorar oder Patientenseminar getarnt worden. Bis 2003 wären die Vergütungen an Ärzte zu einem großen Teil auch als Sachgeschenke wie Espressomaschinen, Mikrowellen etc. geleistet worden. [9] Ratiopharm wies die Anschuldigungen zurück und gab bekannt, juristische Schritte wegen mutwilliger Rufschädigung gegen den Stern einleiten zu wollen. [10]
Am 18. November 2005 teilte der Eigentümervertreter Philipp Daniel Merckle die Abberufung und sofortige Freistellung des Vorsitzenden der Geschäftsführung, Claudio Albrecht sowie des Finanzvorstandes Peter Prock mit; Hintergrund sollen aggressive Vertriebspraktiken sein. Merckle gegenüber der Frankfurter Allgemeinen Zeitung: „Die Folgen der bisherigen Führung sind mir in vielem zutiefst zuwider.“
Im Dezember 2005 stellte die Staatsanwaltschaft Ulm die aus diesem Artikel resultierenden Ermittlungen wegen Verdachtes der Untreue und des Betruges aus Rechtsgründen ein.
Im April 2006 korrigierte die Generalstaatsanwaltschaft Stuttgart diese Entscheidung und ordnete erneut Ermittlungen gegen Ratiopharm wegen des Verdachts auf Beihilfe zu Betrug und Untreue an. Es sollte geprüft werden, ob das Pharmaunternehmen Ärzte mit bestimmten Vergünstigungen dazu gebracht hat, Ratiopharm-Produkte zu verschreiben, obwohl sie günstigere Konkurrenzmittel hätten verschreiben müssen. Im November 2006 wurden die Ratiopharm-Firmenzentrale sowie acht Privatwohnungen von Ratiopharm-Mitarbeitern von der Landespolizeidirektion Tübingen durchsucht. [11]
Am 18. Dezember 2006 wurden Wohnungen und Geschäftsräume von knapp 400 ehemaligen und aktiven Außendienstmitarbeitern durchsucht. Die verantwortliche und zuständige Staatsanwaltschaft Ulm gab bekannt, dass „mit einem baldigen Abschluss des Ermittlungsverfahrens nicht zu rechnen“ sei